生物菌肥不能和其它農藥、部分化肥混用。為防止活菌致死不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。 在施用時，若施生物菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施生物菌肥，隔2天后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發(fā)酵，這樣會直接殺死生物菌。